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  T3 Barley Sandbox

Marker Annotation Report

This analysis shows the results of using BLAST to match the markers sequence in the T3 database to the the wheat genome sequence.
The BLAST results link to GBrowse URGI and Ensembl genome browsers. The top level page gives a summary of the matching markers for each experiment.
Select the match link to view the BLAST hits for each experiment.

Methods: A marker is identified as a match if either
1. the sequence homology is > 99% and aligment length is > 95% of the query sequence.
2. there is only one mismatch and the alignment length is > 95% of the query sequence.
The analysis uses blastn v2.2.28+ with the following arguments "-outfmt 6 -dust no -word_size 16 -task megablast -evalue 1e-08".

BLAST matches for experiment UMN_NSGC_GWAS
Select link to view match in Ensembl Plant.

QueryReference Contigposition
11_100021H458109745
11_100036H109120105
11_100053H489991522
11_100104H555814805
11_100122H219489966
11_100136H46541683
11_100156H552729604
11_100172H246071968
11_100236H16132371
11_100245H557857271
11_100257H19591102
11_100263H28807967
11_100301H13590934
11_100411H552906938
11_100431H456852946
11_100473H552742686
11_100646H15802022
11_100652H723372150
11_100697H492206525
11_100722H751886787
11_100751H355336510
11_100852H758851055
11_100945H579653238
11_101134H9730243
11_101165H106968082
11_101217H4282216
11_101296H30807567
11_101366H16749731
11_101382H677197316
11_101472H121110693
11_101537H110445324
11_101583H493556239
11_101656H14306449
11_101675H513141229
11_101697H597748994
11_101761H420656713
11_101775H214882696
11_101782H48475931
11_101861H17570165
11_101912H532288289
11_101962H636433774
11_102097H260601434
11_102142H672009556
11_102175H623995670
11_102214H12270849
11_102243H423198950
11_102276H359588787
11_102327H33030625
11_102365H656515293
11_102432H526175683
11_102567H217287328
11_102591H61118929
11_102624H484881273
11_102694H636352588
11_102751H36687000
11_102791H481938296
11_102813H499361359
11_102972H83431627
11_103017H590487359
11_103094H581788124
11_103262H3326203
11_103292H755321963
11_103344H623749533
11_103365H637433297
11_103467H70162054
11_103503H542983380
11_103556H41458908
11_103582H212172560
11_103605H588903192
11_103762H725655512
11_103794H435363347
11_103803H142551916
11_103813H651809038
11_103855H630712927
11_103906H580308091
11_103982H685490222
11_103992H50467754
11_104006H540177545
11_104015H664997600
11_104055H657266491
11_104094H3772116
11_104145H552512589
11_104191H4153868
11_104244H292267514
11_104276H28346329
11_104292H704365928
11_104317H110757927
11_104331H508780596
11_104431H558025045
11_104443H580441378
11_104517H31340804
11_104547H639840882
11_104556H479036528
11_104626H41299134
11_104674H578445094
11_104904H6225206
11_104982H82437223
11_105136H374876068
11_105153H606323507
11_105226H342712322
11_105245H534122699
11_105252H49988534
11_105261H64113901
11_105365H630531598
11_105382H707452624
11_105396H48979750
11_105507H641788307
11_105512H738841667
11_105593H23094350
11_105662H739142893
11_105684H480893354
11_105703H659694975
11_105767H46106073
11_105785H536448463
11_105805H19792822
11_105843H624282646
11_105884H604442927
11_105956H548251353
11_105971H37114410
11_106005H649232960
11_106013H54950033
11_106022H197904597
11_106086H527210149
11_106104H638202451
11_106215H23246071
11_106252H738362548
11_106283H579748358
11_106356H546608851
11_106463H676624509
11_106674H350266227
11_106684H46140224
11_106696H965879
11_106792H165634831
11_106813H683876412
11_106827H2212170
11_106861H476365128
11_106885H16277132
11_106974H633602081
11_107023H681332144
11_107055H597797164
11_107072H707268000
11_107142H742203860
11_107217H75226809
11_107221H539492243
11_107234H599232360
11_107244H596447073
11_107267H63748630
11_107283H491895585
11_107346H550311112
11_107365H656077276
11_107441H18807356
11_107486H574761427
11_107502H487263991
11_107514H604403847
11_10753Un40990529
11_107543H632915185
11_107564H63865143
11_107571H18359684
11_107601H23815813
11_107641H34087686
11_107673H690418421
11_107702H755005509
11_107715H545101351
11_107727H59719498
11_107785H648410579
11_107802H710843212
11_107816H477163617
11_107835H598250952
11_107854H612082524
11_107872H38368594
11_107912H750535067
11_107977H635305241
11_107981H435096952
11_107996H25149597
11_108133H534070384
11_108156H538088490
11_108182H636549210
11_108213H633085996
11_108294H579450177
11_108393H510245868
11_108417H14802282
11_108437H642028895
11_108464H563098102
11_108517H16886316
11_108555H603086611
11_108633H39453881
11_108705H651947785
11_108731H14374682
11_108814H471656963
11_108863H10689004
11_108901H482241183
11_108912H36438267
11_108951H479172
11_108967H645016449
11_109015H629115072
11_109025H631203604
11_109092H545242939
11_109111H536146950
11_109135H231082339
11_109144H511791369
11_109183H630722599
11_109192H52014030
11_109464H469625104
11_109472H267303750
11_109567H31741820
11_109657H26447530
11_109663H416613563
11_109717H629696
11_109786H547081024
11_109837H167862263
11_109892H702156085
11_109946H24667457
11_109972H132767421
11_110023H47570630
11_110213H590764794
11_110245H293388505
11_110287H109383022
11_110317H8172607
11_110424H420743634
11_110432H701937365
11_110542H91940117
11_110676H404560107
11_110722H570919247
11_110863H219956193
11_110905H595217199
11_110925H610690129
11_110993H226364211
11_111002H649204195
11_111012H224821659
11_111051H551573705
11_111243H354288728
11_111285H363393417
11_111413H639130085
11_111476H536786820
11_111723H632247129
11_111804H37600756
11_111864H639342632
11_111913H504750960
11_111963H640357048
11_111994H13300813
11_112056H91401417
11_112062H508786535
11_112074H529292786
11_112112H393522056
11_112134H600035002
11_112215H315127052
11_112227H7465605
11_112244H560337783
11_112362H705262924
11_11240Un69784262
11_112413H538660122
11_112437H623438216
11_112466H529857482
11_112502H682243810
11_112561H390692993
11_112583H198409081
11_112605H349702859
11_112622H737639570
11_112757H645922066
11_112815H228224425
11_112871H322116949
11_112917H413462047
11_112924H620339345
11_112931H57233092
11_112946H545956735
11_113022H96162710
11_113072H678192598
11_113283H653294688
11_113303H628031126
11_113361H261773377
11_113373H373635443
11_113437H573239658
11_113487H93153567
11_113496H506921781
11_113505H553412544
11_113542H248552965
11_113555H527152265
11_113615H559673257
11_113671H461403045
11_113755H591828836
11_113984H602782584
11_114022H624194869
11_114066H6770161
11_114103H683294717
11_114113H683722415
11_114325H50388254
11_114407H642430202
11_114457H505361481
11_114617H440018338
11_114796H12015182
11_114811H540810107
11_114836H464858509
11_114862H718986451
11_114886H576407878
11_114895H648004337
11_114905H625357285
11_114957H10416399
11_114975H626697338
11_115004H590917631
11_115033H621816484
11_115052H74603738
11_115075H585152195
11_115134H574543534
11_115281H536947615
11_200023H408772778
11_200105H6354602
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11_200322H406850796
11_200392H235963453
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11_200536H512159550
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11_200724H567760048
11_200785H632298125
11_200853H653287342
11_200862H681044282
11_200927H607662553
11_200975H542621417
11_201045H624403379
11_201072H19588001
11_201177H648324431
11_201194H620872317
11_201211H482407642
11_201303H600265291
11_201331H541996243
11_201345H556603279
11_201363H585359884
11_201381H554760325
11_201397H640932887
11_201412H714692496
11_201454H1668279
11_201463H652499777
11_201491H509763190
11_201531H516507942
11_201593H3981157
11_201723H14955141
11_201732H47286510
11_201784H600671237
11_201804H35548341
11_201846H384801961
11_201857H654030545
11_201933H39504094
11_201974H595772102
11_202065H3924393
11_202104H15304563
11_202152H723245814
11_202257H15114736
11_202265H2540710
11_202291H473582513
11_202307H525219484
11_202365H509768671
11_202395H373454403
11_202523H3868857
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11_202655H456062406
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11_202835H404959698
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11_202932H196891840
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SCRI_RS_997984H640496053

In 2009 the Toronto International Data Release Workshop agreed on a policy statement about prepublication data sharing. Accordingly, the data producers are making many of the datasets in T3 available prior to publication of a global analysis. Guidelines for appropriate sharing of these data are given in the excerpt from the Toronto Statement

I agree to the Data Usage Policy as specified in Toronto Statement.