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  T3 Barley Sandbox

Marker Annotation Report

This analysis shows the results of using BLAST to match the markers sequence in the T3 database to the the wheat genome sequence.
The BLAST results link to GBrowse URGI and Ensembl genome browsers. The top level page gives a summary of the matching markers for each experiment.
Select the match link to view the BLAST hits for each experiment.

Methods: A marker is identified as a match if either
1. the sequence homology is > 99% and aligment length is > 95% of the query sequence.
2. there is only one mismatch and the alignment length is > 95% of the query sequence.
The analysis uses blastn v2.2.28+ with the following arguments "-outfmt 6 -dust no -word_size 16 -task megablast -evalue 1e-08".

BLAST matches for experiment POPA3_CAPcore
Select link to view match in Ensembl Plant.

QueryReference Contigposition
12_300015H2896782
12_300023H427506664
12_300035H642923239
12_300047H374008168
12_300053H509823130
12_300064H646103540
12_300075H484377885
12_300083H528546972
12_300093H485716108
12_300106H14071509
12_300115H451466800
12_300141H529533855
12_300216H156957654
12_300256H568248083
12_300267H560756345
12_300292H64369800
12_300326H168604572
12_300407H30545668
12_300412H716883496
12_300422H252052546
12_300431H317349862
12_300464H613762451
12_300481H558226181
12_300492H692526909
12_300506H16160321
12_300537H234663803
12_300544H522900293
12_300553H693425600
12_300565H565156511
12_300576H573635245
12_300604H495699304
12_300625H619890644
12_300637H30198858
12_300643H54793358
12_300657H47359082
12_300675H592509324
12_300682H429179852
12_300721H492628827
12_300805H486428493
12_300813H637570778
12_300837H37306572
12_300843H634076447
12_300875H645679176
12_300883H502810994
12_300903H599466360
12_300923H648171173
12_300952H687579324
12_300963H634923676
12_300972H713705600
12_300985H554917695
12_301022H764420842
12_301055H55775968
12_301062H727956635
12_301082H556024145
12_301095H329004926
12_301101H374864785
12_301115H433569163
12_301133H14833004
12_301144H618419852
12_301151H418575634
12_301163H660845054
12_301174H618679930
12_301181H11498629
12_301193H613632191
12_301206H164749119
12_301226H28175037
12_301257H125599000
12_301263H360097463
12_301295H595412293
12_301303H261024159
12_301322H5332673
12_301336H59558362
12_301353H695935673
12_301364H583582367
12_301373H658331074
12_301384H607442185
12_301404H2271660
12_301417H31380476
12_301424H611480536
12_301437H48203463
12_301446H384884951
12_301452H27043400
12_301464H633384580
12_301471H478177990
12_301486H521672593
12_301497H87929896
12_301504H9579405
12_301516H546833011
12_301522H713108233
12_301533H426108000
12_301541H544907775
12_301552H16221898
12_301584H620533072
12_301625H638951179
12_301635H254000
12_301647H617016393
12_301655H634446510
12_301667H651732990
12_301675H9252480
12_301687H593143065
12_301695H589121448
12_301703H560321026
12_301782H632678794
12_301792H274546401
12_301817H66021760
12_301825H549909635
12_301835H622959216
12_301866H41138051
12_301874H37742566
12_301911H522448103
12_301923H21019739
12_301935H368181264
12_301952H125233578
12_301972H478418901
12_301997H522445562
12_302002H685385501
12_302033H677235556
12_302041H496437817
12_302052H614418305
12_30206Un24420145
12_302092H147021592
12_302137H460735533
12_302145H366239890
12_302162H677132806
12_302197H32324876
12_302213H18730953
12_302225H604813107
12_302233H627767267
12_302242H464532411
12_302264H590413361
12_302293H689415947
12_302306H253545258
12_302311H556387095
12_302324H610307213
12_302366H518269410
12_302374H516497990
12_302385H629840703
12_302394H645030797
12_302402H93728593
12_302411H17000653
12_302427H38524160
12_302431H389343900
12_302482H732544321
12_302503H597724093
12_302512H128270958
12_302546H345288532
12_302571H534125766
12_302592H108258950
12_302602H59029695
12_302623H184992490
12_302652H525482637
12_302681H40390268
12_302713H681734603
12_302743H630643848
12_302752H540085329
12_302763H621230031
12_302771H552452412
12_302783H571162239
12_302843H26174460
12_302855H525913775
12_302905H382166002
12_302951H466761834
12_302967H3167643
12_302973H7847809
12_302981H469802176
12_302993H442444677
12_303017H556168102
12_303041H437281728
12_303056H350303742
12_303061H303945733
12_303087H631162845
12_303102H717373184
12_303116H245289833
12_303145H519456100
12_303166H50801220
12_303176H46946031
12_303183H256194881
12_303196H1580808
12_303232H538202423
12_303253H589499865
12_303284H36217747
12_303297H26188987
12_303314H73671199
12_303357H591550949
12_303361H31676923
12_303375H131280684
12_303382H113453382
12_303412H732698101
12_303423H611855038
12_303431H401872471
12_303447H180474019
12_30346Un88362635
12_303481H392575438
12_303501H368821886
12_303512H724945648
12_30352Un30839035
12_303536H44018220
12_303545H90975191
12_303556H571849345
12_303586H28516220
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12_303616H30508253
12_303627H611405335
12_303632H59217137
12_303673H655486334
12_303687H620484857
12_303703H674285613
12_303717H60593610
12_303753H621295592
12_303775H587971000
12_303782H762152399
12_303792H63474159
12_303807H635735954
12_303825H668395874
12_303854H629486243
12_303886H31017009
12_303897H354115188
12_303904H599032292
12_303944H15294150
12_303956H380651810
12_303962H728830847
12_303993H544458340
12_304005H618182978
12_304022H16751427
12_304031H540195468
12_304041H324791460
12_304061H376377160
12_304085H270952748
12_304095H278408007
12_304105H23918425
12_304117H262018069
12_304146H576542953
12_304197H540692375
12_304233H619132502
12_304242H11270655
12_304254H637603682
12_304274H470548896
12_304306H130616603
12_304313H30927745
12_304322H54631912
12_304361H109055279
12_304381H98026235
12_304416H123871545
12_304441H546757157
12_304457H315905440
12_304497H416618712
12_304504H440029216
12_304545H100805845
12_304554H551439463
12_304565H565946520
12_304621H445563341
12_304656H281201439
12_304673H103832919
12_304727H2241774
12_304736H115445291
12_304743H63807754
12_304757H430903967
12_304764H638223519
12_304771H456209651
12_304781H381207730
12_304802H687682346
12_304817H228406803
12_304823H660284941
12_304867H235388310
12_304872H158450324
12_304884H77405732
12_304912H65977217
12_304927H264361753
12_304945H656392750
12_304967H116658838
12_304981H185736870
12_304991H381147521
12_305025H669529144
12_305034H126859667
12_305045H657394871
12_305051H471473363
12_30506Un113016235
12_305086H337186824
12_305091H522845097
12_305106H69634463
12_305116H276433017
12_305142H399433156
12_305155H450803569
12_305166H37274484
12_305171H553137219
12_305216H29458421
12_305221H370569335
12_305245H582884770
12_305287H52802568
12_305307H23576066
12_305315H11410502
12_305321H523963863
12_305335H541555119
12_305385H395635118
12_305394H622160190
12_305404H7870312
12_305435H397673
12_305447H238659006
12_305457H58416963
12_305461H508566982
12_305507H285719287
12_305544H618415678
12_305552H691870667
12_305565H609152097
12_305572H159048522
12_305612H351833165
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12_305637H321637487
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12_305657H481655599
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12_305676H180782461
12_305696H115112608
12_305713H28161638
12_305736H519372817
12_305747H435465480
12_305755H343326273
12_305767H66410739
12_305775H659532782
12_305805H246151527
12_305817H216116460
12_305822H294631197
12_305833H120307150
12_305844H613644778
12_305881H10747464
12_305897H449173785
12_305905H589146668
12_305915H3152337
12_305921H348209587
12_305937H642644375
12_305943H527661695
12_305957H202235859
12_305966H189312890
12_305974H52514843
12_305982H710954522
12_306026H528517292
12_306036H17924348
12_306042H90008552
12_306054H461460469
12_306062H21089980
12_306093H78940606
12_306115H589583192
12_306163H525056378
12_306183H216876923
12_306195H570951899
12_306204H550661796
12_306217H361405806
12_306223H279062001
12_306254H123796826
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12_306276H581553492
12_306307H593307016
12_306312H18521931
12_306342H197531589
12_306355H603612830
12_306362H712677252
12_306376H470879114
12_30639Un103945094
12_306403H603095161
12_306425H636369836
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12_306457H460352713
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12_306491H543500487
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In 2009 the Toronto International Data Release Workshop agreed on a policy statement about prepublication data sharing. Accordingly, the data producers are making many of the datasets in T3 available prior to publication of a global analysis. Guidelines for appropriate sharing of these data are given in the excerpt from the Toronto Statement

I agree to the Data Usage Policy as specified in Toronto Statement.